Formée durant l'ère primaire, cette chaîne montagneuse qui se prolonge jusqu'au Togo, a donné son nom à la région. La rivière Pendjari y prend sa source. Le mont culmunant de l'Atacora et même du Bénin est le SAGABARAO à 658 m d'altitude. Les paysages de quartz et de shistes recèlent des chuttes et cascades comme à Tanougou ou encore à Kota, à 15 km au Sud de Natitingou. De larges pistes de laterite et d'autres bitumées la traversent permettant ainsi un accès facile au pays des Bétamaribés qui jouxte le Togo, trésor ethnographique du nord Bénin et patrimoine mondial protégé par l'Unesco, ainsi que la réserve de Biosphère de la Pendjari qui regroupe le parc National de la Pendjari (PNP) et trois zones scynégetiques.